L’Europe a laissé aux états membres le choix de la démarche à adopter pour atteindre les objectifs fixés dans le cadre des deux directives.
Ainsi, la France a choisi d'agir en concertation avec les acteurs concernés par le site en mettant en place un comité de pilotage (COPIL). Celui-ci est composé des représentants des organismes agissant sur le site (chambre d'agriculture, DDTM, associations, propriétaires forestiers, fédérations...). Il est chargé d'élaborer un document d'objectifs (DOCOB), qui définit les enjeux et les préconisations de gestion.
Après approbation du DOCOB par le préfet, l'animation du site se fait selon une démarche volontaire et contractuelle : le but est de proposer aux propriétaires de signer un ou plusieurs contrats Natura 2000 (MAEC pour les agriculteurs).
Le réseau français Natura 2000 comprend 1 776 sites dont 212 sites marins, soit 12,9 % de la surface terrestre métropolitaine et 33 % de la surface marine de la zone économique exclusive (source Ministère de la transition écologique et solidaire, 2018 ).