Les groupes de travail constituent le second niveau de concertation.
Ils offrent une tribune plus libre et moins formelle que le COPIL. Ce sont des lieux de débat qui permettent de dégager les éléments à inclure dans le document final.
Ils ont pour rôle de favoriser la participation des acteurs locaux à l’élaboration du document d’objectifs, de solliciter les compétences et les connaissances de chacun et de discuter le contenu des différents éléments du DOCOB.
L’inscription à ces groupes de travail relève d’une démarche volontaire. Ils sont ouverts à tous les acteurs intéressés par l’animation du site Natura 2000. Les membres de ces groupes de travail élaborent, avec la structure porteuse, les propositions techniques.
Pour le site Natura 2000 « Vallée du Canut », deux groupes de travail thématiques ont été constitués durant l'élaboration du Docob : Habitats, faune, flore, oiseaux et Activités socio-économiques et de loisir.
Puis, d'autres groupes de travail thématiques ont été réunis durant la phase d'animation : groupe de travail sur les sentiers, le pique-prune, les parcelles en propriétés communales...