L’importante mosaïque de milieux de la vallée du Canut permet le développement de nombreuses espèces associées, tant animales que végétales.
Les inventaires botaniques du Département d'Ille-et-Vilaine et les observations de terrain et données de prospection du conservatoire botanique national de Brest (CBNB), du bureau d’études Biotope, de Monsieur Louis Diard (botaniste) et de Madame Agnès Stephan (cartographie des habitats) ont permis d’identifier des espèces végétales patrimoniales (établies en fonction de leur statut de protection, de rareté et de menace).
Parmi les espèces végétales patrimoniales du site, on peut distinguer les espèces liées aux habitats du complexe landicole :
Ciboulette sauvage (Allium schoenoprasum)
Glaïeul d'Illyrie (Gladiolus illyricus)
Scléranthe vivace (Scleranthus perennis)
Astérocarpe pourpré (Sesamoides purpurascens)
Genévrier (Juniperus communis)
Laîche blonde (Carex hostiana)
Cicendie fluette (Cicendia filiformis)
et les espèces des communautés aquatiques ou des bords d’étangs exondées :
Coléanthe délicat (Coleanthus subtilis) - espèce végétale d'intérêt communautaire
Fluteau nageant (Luronium natans) - espèce végétale d'intérêt communautaire
Littorelle uniflore (Littorella uniflora)
Élatine à six étamines (Elatine hexandra)
Grande Naïade (Najas marina)
Souchet brun (Cyperus fuscus)