Le site Natura 2000 englobe une grande diversité de milieux.
L’établissement de la typologie des habitats, réalisé en 2012 par le bureau d’études Biotope, a permis la mise en évidence de 78 groupements de végétation et 7 habitats non végétalisés.
Ce bilan fait apparaître une diversité importante de milieux naturels, représentée par 13 grands types d’habitats. A la lecture des représentativités surfaciques des milieux, les éléments suivants peuvent être soulignés :
- Les milieux boisés dominent largement l’occupation du sol pour atteindre près de 40% du site. Les boisements mésophiles sont les plus fréquents (presque 30%) suivis des boisements frais, humides ou marécageux (quasiment 8%) puis par les ripisylves (3.5%).
- Les milieux landicoles, antérieurs en termes dynamique (landes et fourrés), sont très nettement dominés par les fourrés mésophiles (ronciers, fourrés à ajoncs d’Europe…) qui se développent bien souvent au détriment des landes. Les fourrés occupent environ 17% de l’aire d’étude alors que les landes en occupent à peine plus de 7%.
- Les milieux anthropisés, qui englobent les milieux urbanisés et les milieux agricoles ou sylvicoles intensifs (cultures, plantations…) sont bien représentés sur plus d’un huitième du site.
- Les prairies mésophiles constituent également un milieu bien présent sur presque un huitième du site.
- Les végétations chasmophytiques (végétation des affleurements rocheux) sont abondantes. On les trouve sur seulement 5% du site mais il s’agit d’habitats par nature peu recouvrants. Ces zones de roche mère (shistes) affleurante, où les landes sèches et pelouses se maintiennent, forment des milieux assez stables où la fermeture est plus lente que sur le reste du site.
- L’eau libre est assez présente sur près de 4% alors que les végétations aquatiques et amphibies, les vases nues et communautés associées et les roselières et cariçaies représentent de faibles surfaces (moins de 1% du site).
- Les mégaphorbiaies et prairies humides sont peu représentées. Ces milieux humides particulièrement instables ont certainement été les premiers à s’embroussailler puis à se boiser après l’abandon des pratiques agricoles.
Carte des habitats d'intérêt communautaires de la Vallée du Canut :