La vallée du Canut présente une biodiversité exceptionnelle concentrée sur 427 ha. Il possède des espèces dites remarquables, rares et protégées au niveau européen mais également une biodiversité ordinaire qui participe au fonctionnement de l’ensemble des écosystèmes présents.
Une grande diversité de milieux est présente sur le site, aussi bien des communautés végétales xérophiles que des milieux plus frais et humides le long des cours d’eau. L’importante mosaïque de milieux explique notamment la richesse écologique de la vallée du Canut.
Au niveau local, l'intérêt de la vallée du Canut est majeur. En effet, parmi les entités naturelles qui ponctuent les affleurements de schiste rouge de Pont Réan, le site occupe une place prépondérante.
A ce titre, la vallée du Canut est concernée par deux sites Natura 2000 (désigné au titre de la directive Oiseaux et de la directive Habitats Faune Flore), par un Espace Naturel Sensible (propriétés acquises et gérées par le Département d’Ille-et-Vilaine) et est concerné par un Arrêté de Protection de Biotope du fait de la présence d’espèces protégées et très sensibles.